Під час монголо-татарської навали Лисянка і навколишні території були повністю спалені. З того часу люди це місце називають Лисиною, гору на шляху до Черкас — Лисою, річку, що протікає під горою, — Лискою, а відроджене поселення — Лисянкою.
Вперше Лисянку згадують у документах за 1593 рік. Саме того року містечко з навколишніми селами і землями польський король Сигізмунд ІІІ Ваза подарував шляхтичу Валентію Чермінському (зустрічається в описі Александера Валеріана Яблоновського).
1622 року воєводі руському Іванові Даниловичу король Сигізмунд ІІІ Ваза видав грамоту, за якою він міг закласти місто Лисянку і надав йому Магдебурзьке право, право обирати собі війта, бурмістра, райців з-поміж міщан. Місто мало було опасоване частоколом з вежами і мала бути збудована ратуша. Базари повинні бути щопонеділка та щоп’ятниці. Після смерті Івана Даниловича (весна 1628 року) в 1630 році Лисянка належала його другій дружині-вдові — Софії з Жолкевських.
1645 — Лисянка належала Самуелю Єжи Калиновському.
1648 — Лисянка підтримала Богдана Хмельницького. За тих часів була багатим містом. Мало воно 4 церкви, на передмістю монастир св. Трійці, недавно закладений і сильно укріплений, посвячений 1653 р. патріархом Макарієм.
1654 р. місто було взяте коронним військом і спалене.
За часів Івана Виговського Лисянка дісталась Костянтинові Виговському.
1674 р. тут після того як зазнав поразки від московського війська, перебував брат гетьмана Петра Дорошенка Григорій з татарським військом. Міщани видали Григорія Дорошенка московитам, а татар перебили. Незадовго після цього, коли мешканці почули, що козаки ідуть до Чигирина, вони всі до єдиного з майном і родинами перебрались за Дніпро. Дорошенко застав пусте місто, яке зрівняв із землею. Через 8 років місто знову заселили 800 господарів.
1702 р. Самійло винищив в місті євреїв та шляхту. Війтом був Дмитро Старий.
В 1711 р. поблизу Лисянки відбувся бій між армією гетьмана Пилипа Орлика та війська під командуванням генерального осавула Григорія Бутовича. У наслідку бою загін Бутовича зазнав поразки, а самого осавула було взято у полон. Ця битва була частиною походу на Правобережжя проти російської влади.
1733 р. Александр Яблоновський фундував тут францисканський костел, місце давнього замку віддав о. василіянам і сприяв будівництву нового оборонного замку з вежами. Це сприяло розвитку міста.
1777 р. тут було 457 осель. У місті був Свято-Троїцький василіянський монастир (колись православний).
Містечко оспіване у творах багатьох письменників, зокрема, П. Куліша і Т. Г. Шевченка.
У часи Другої світової війни містечко понад два роки входило до Корсунського ґебіту. На початку 1944 р. тут проходила Корсунь-Шевченківська операція.
